paralogues humains HTR2A HTR2B et HTR2C du récepteur de la sérotonine humaine Swissprot 5HT2AHUMAN 5HT2BHUMAN 5HT2CHUMAN Ces gènes font partie dune famille plus large des 5HT12345 ID: 333477
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Slide1
On s‘intéressera à 3 gènes
paralogues
humains : HTR2A, HTR2B et HTR2C du récepteur de la sérotonine humaine (
Swissprot
: 5HT2A_HUMAN, 5HT2B_HUMAN, 5HT2C_HUMAN). Ces gènes font partie d’une famille plus large des 5HT1,2,3,4,5 .
appartenant
à la famille des récepteurs couplés aux protéine
sG
à 7tm
.
1. Sélection des séquences
On cherchera à mettre en évidence les similitudes des 3 gènes par alignement multiple (utilisation du logiciel
seaview
(développé au PBIL de Lyon).
1a
. Récupérer les séquences de la sous famille 5HT2
.
Possibilité de visualiser dans
Uniprot
:
www.uniprot.org
(
query
: 5HT2
)
Avec WWW-
Query
http://doua.prabi.fr/
Possibilité
de récupérer l’ensemble des
séquences
protéiques au format
fasta
Manage
lists
http://doua.prabi.fr/templates/services
Slide2
Définir une liste de id
:5HT2A_CRIGR 5HT2A_HUMAN 5HT2A_MACMU 5HT2A_MOUSE 5HT2A_PIG 5HT2A_RAT 5HT2B_MOUSE 5HT2B_RAT 5HT2C_MOUSE 5HT2C_RAT 5HT2B_HUMAN 5HT2C_HUMANchoisir SwissProt
Avec
Retrieve
:
Choix :
Fasta
Protein
Direct
sending
Sauver dans un fichier local 5HT2.fa
1b.
Faire de même avec une interrogation directe dans WWW-
Query
par les
indentifieurs
:
SequenceName
5ht2
*
(dans
Uniprot
/
SwissProt
)
Avec
R
etrieve
: faire de même et sauver (21
sequences
) en format
fasta
.
Slide3
2. Alignements multiples
Avec seaview installé (java)http://doua.prabi.fr/templates/software(seaview linux) 2a. Input des séquences Faire glisser le fichier fasta (1ere sélection)
Alignement avec
clustalomega
(ou muscle)
Visualiser
les alignements :
Que peut on dire sur les domaines conservés ou non ? conservation globale ou
conservation
par sous groupe
?
Conservation dans les domaines extra cellulaires, membranaires ou
intracellulaires
? (ici 7 domaines transmembranaires)
Voir sur le site de
Uniprot
les liens vers
InterProScan
et les différentes entrées par sous groupe.
Slide4
2b.
Avec le menu Tree, contruire un arbre global avec la méthode des distances Visualiser l’arbre (possibilité de swap et d’affichage des distances ou d’évaluer la robustesse par un bootstrap. 2c. Refaire les alignements avec la série plus conséquente (22 séquences)
Eventuellement ajouter une séquence externe (
outgroup
pour ancrer l’arbre phylogénétique. (prendre une
sequence
des groupes 5HT3 4 ou 5).
Slide5
3. Mise en évidence de la localisation de ces
paralogues sur les génomesSur le viewer de l’UCSC (http://genome.ucsc.edu/)Utilisez le browser :Choix : Mammals human hg38
Sélectionner un
symbol
(HTR2A, HTR2B , HTR2C)
Identifier la localisation : chromosome + coordonnées (
eventuellemnt
la bande chromosomique)
Observer la structure du gènes (exons introns , conservation avec d’autres
espèces)
Sens de transcription
Nombre d exons
Zoom
sur la partie 5’ UTR : Pourquoi une conservation en amont du gène ? (activer les
tracks
de régulation ENCODE)
Visualisation
de la bande chromosomique (activation dans le
track
mapping
)
Idem pour les 3 gènes humains
Idem pour les 3 gènes de souris
Synthèse Slide6
4. Pour valider ces
synténies on cherchera sur le net (Google) des cartes de synténies homme-souris . Est ce que les localisations des 3 paires peut expliquer par cette synténie homme souris ? 5. Vérifier sur la base de données Homologene (NCBI : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)
Vérifier
les localisations de HRT2A (humain)
cliquer sur
ortholog
Mouse Htr2a : bande ?
Slide7Slide8Slide9Slide10Slide11Slide12
Family
relationships G protein-coupled receptor, rhodopsin-like (IPR000276) 5-hydroxytryptamine receptor family (IPR002231) 5-Hydroxytryptamine 1A receptor (IPR000610)
5-Hydroxytryptamine 1B
receptor
(IPR002147)
5-Hydroxytryptamine 1D
receptor
(IPR000505)
5-Hydroxytryptamine 1E
receptor
(IPR027425)
5-Hydroxytryptamine 1F
receptor
(IPR000450)
5-Hydroxytryptamine 2A
receptor
(IPR000455)
5-Hydroxytryptamine 2B
receptor
(IPR000482)
5-Hydroxytryptamine 2C
receptor
(IPR000377)
5-Hydroxytryptamine 5A
receptor
(IPR001397)
5-Hydroxytryptamine 5B
receptor
(IPR000431) Slide13Slide14Slide15Slide16Slide17Slide18Slide19Slide20Slide21